--- a/libbuild2/buildfile
+++ b/libbuild2/buildfile
@@ -109,8 +109,11 @@ host_config_no_warnings_lines = [strings]
 build2_config_no_warnings_lines = [strings]
 
 for l: $regex.replace_lines(                                                            \
+  $regex.replace_lines(                                                                 \
   $config.save(),                                                                       \
   '^( *(#|(config\.(build2\.|test[. ]|dist\.|install\.chroot|config\.hermetic))).*|)$', \
+  [null], return_lines),                                                                \
+  '^.*'$getenv(NIX_STORE)'/[a-z0-9]{32}-.*$',                                           \
   [null])
 {
   if ($defined(config.build2.host_c) && $regex.match($l, ' *config\.c[ =].*'))